En el frontal de la nave central encontramos el Retablo Mayor, obra del escultor-ensamblador Juan Manuel de Becerril1Juan Manuel de Becerril encarna el estilo rococó palentino del s.XVIII junto a los maestros Gregorio Portilla y Pablo Villazán. Se paga al referido maestro 8.200 reales por este trabajo. afamado maestro del foco palentino del barroco del s.XVIII, que realiza esta obra en el año 1767. Fue supervisada por el mercenario descalzo del convento de Valdunquillo Fray Martín de Santa Bárbara. Es de estilo rococó y consta de un solo cuerpo con tres calles y el ático que ocupa la totalidad del testero. Presenta tres esculturas movidas representando a San Pedro y San Pablo en los extremos del cuerpo principal y el Patrón, San Juan Evangelista, en el ático. Fue dorado en el año 1775 por el maestro Antonio Rodríguez de Morales de Campos. Destacan algunos medallones en relieve de madera policromada que presenta sobre su banco.
En su distribución original y hasta hace unas décadas en la composición del Retablo Mayor destacaba en el ático la Virgen del Rosario, San Juan (el titular de la iglesia) presidía la parte central y justo debajo un sagrario que estaba integrado en el propio altar que actualmente se encuentra en el museo.
